店頭価格（ガソリンスタンド交付のインボイス）と全国統一価格（弊社請求書記載の金額）の差額処理につきましては、貴社経理処理にあたるためお答えいたしかねます。
差額調整の経理処理^※が必要になると考えますが、詳細は貴社で関与されている税理士等にご相談ください。

※一般的には『ガソリン代にかかる費用科目』や『雑収入等の収益科目』で差額調整の経理処理が必要になると考えます。